כל ילדי פנימיית טוביה עד גיל 15 מתגוררים במשפחתונים, ביחד עם זוג הורים, על פי רוב בעלי רקע וניסיון בתחום החינוך, וילדיהם. המשפחתון הוא מבנה דו-משפחתי שבחלקו האחד מתגוררת המשפחה הביולוגית, ובחלק השני, קבוצה מעורבת של ילדי הפנימייה.
המשפחתון נועד להפגיש את הילדים עם החוויה של השתייכות למשפחה בריאה עם יחסים נורמטיביים, שבה כל יושבי הבית חיים את אותו מרחב: אוכלים ביחד, מבלים זמן פנוי ביחד, חוגגים, כואבים ועוזרים אחד לשני. אין זה ניסיון להחליף את המשפחות הביולוגיות של הילדים, ודגש על כך ניתן לאורך כל התקופה המשותפת, אלא לתת לילד תנאים חיוביים, מטפחים ותומכים במצב שבו התא המשפחתי שלהם אינו מסוגל לספקם.
החיבור עם המשפחה הוא לזמן ארוך, כדי לאפשר לילדים להטמיע חוויה של בניית קשר קבוע, יציב ומלא, שהיעדרו הוא הפצע הגדול ביותר שהם נושאים עימם. חוויה זו, של קשר עם משפחה בריאה ומתפקדת, העובדת עם הילדים ומכילה את קשייהם, עשויה לרפא את פצעיהם, לחלץ אותם ממעגל המצוקה ולאפשר להם למצוא את הכוחות הבריאים, המובילים להתפתחות וצמיחה.
משפחות שלוקחות על עצמן להיות משפחות בית במשפחתונים צריכות לדעת כי הן מאמצות אינטימיות מסוג אחר מזה שהיה מוכר להן כמשפחה ביולוגית, וכי זהו מסע ארוך טווח – לילדים לוקח זמן ליצור קשרים, לבנות אמון, להיפתח ולהתמסר. ככל שהמשפחה יציבה יותר, היא תזכה לעבור תהליך שלם יותר עם הילדים. על המשפחה להיות מוכנות לאורח חיים אינטנסיבי ותובעני, לאחריות שאינה מסתיימת בסופו של יום, לנתינה ולהתמסרות. נקודות האור הן בקשר עם הילדים, בהתבוננות בצמיחתם ובלמידה הבלתי פוסקת מהחיים במחציתם.
