קהילת בית טוביה מפעילה מסגרת ליווי ייחודית עבור בוגריה בגילאי 19-21, הנמצאים בשירות צבאי ולאומי. בוגרים חסרי עורף משפחתי מתגוררים בעת חופשותיהם בהרדוף וזוכים לליווי של עובד סוציאלי מצוות הפנימייה, אשר מסייע להם בבחירותיהם בשלבים השונים ונמצא בקשר עם מפקדים וגורמי תעסוקה ורווחה.
בוגרי הפנימיה משקפים את הצלחתו של בית טוביה: כל בני הנוער מסיימים 12 שנות לימוד. מרביתם ניגשים לבחינות הבגרות באופן מלא וחלקי. רובם הגדול מתגייסים לצה"ל או לשירות לאומי, אחרים משתלבים במסגרות שיקומיות פתוחות יותר.
ממחקר יזום שנערך ע"י ד"ר אניטה וינר מאוניברסיטת חיפה, בשיתוף אנשי צוות של פנימיית טוביה ובוגריה, עולה כי תרומת בית טוביה לבוגרים הייתה משמעותית מאוד. תרומה זאת בלטה במיוחד בתחומים הרגשיים והחברתיים, גם בהשוואה למצבם הבעייתי בעת הגיעם לטוביה, וגם, לפי תשובותיהם, לגבי זיכרונות מתקופת שהותם בטוביה ונכונותם להביע את הערכתם על היחס האישי התומך ועל המסירות של הצוות. בתחום הלימודי והתעסוקתי עיקר התרומה היה בביטחון העצמי של הבוגרים, באופטימיות שלהם לגבי העתיד, ובערכי העבודה שרכשו במשך השהות בטוביה. על אף מגבלות הרקע המשפחתי, ומצבם הכלכלי הקשה, רובם, כך נמצא, מתפקדים בצורה תקינה כאזרחים רגילים בני גילם.