בית טוביה מלווה ותומך את החניכים במסגרת מתאימה לגיל ההתבגרות, ואף בהמשך הדרך, בשירות הצבאי ולאחריו, ככל שנדרש.
בשנת 1997, כאשר התבגרו ראשוני החניכים בפנימייה, נפתח בית המתבגרים של בית טוביה, המיועד לתת מענה לצרכיהם של בני 15 ומעלה. בבית מתגוררים בני נוער שהתבגרו בפנימיה, לצד בני נוער נוספים שנסיבות חייהם הביאו אותם לחפש מסגרת חוץ-ביתית ונקלטו בגיל ההתבגרות לפנימיית טוביה.
החיים בבית המתבגרים מתנהלים באווירה ביתית ככל שניתן, וכוללים פעילות חברתית ענפה. דגש רב ניתן בשנים אלה על הקניית כלים מעשיים לחיים של עצמאות, הכנה לשירות הצבאי וליווי החניכים בצעדיהם הראשונים כאזרחים עצמאיים המשתלבים בחברה. מקום מרכזי בתהליך זה תופסת התכנית להכשרה מקצועית והשמה במקומות עבודה, ובמסגרת זאת כל בני הנוער בבית המתבגרים עובדים וחווים מגוון רחב של אפשרויות תעסוקה בקיבוץ הרדוף ומחוצה לו.
במהלך שנת 2012 נבנה בית חדש למתבגרים ובוגרי הפנימייה, בסיוען של הקרן ע"ש יוסף וקריסטינה קסירר והקרן לפיתוח שירותים לנכים של הביטוח הלאומי. בית זה מאפשר להיענות לבקשות הקליטה הרבות בגילאי ההתבגרות, ולתת פתרון דיור עבור בוגרי הפנימייה חסרי העורף המשפחתי המוכרים כחיילים בודדים.