מרבית ילדי בית טוביה לומדים בכיתות לחינוך מיוחד, חלקן המשולבות בבית הספר העל-אזורי הפועל בהרדוף בשיטת חינוך "ולדורף", המתאפיין בשיטה יחודית בה דגש על גישה חוויותית ואומנותית בלימוד. במרבית שעות היום לומדים חניכי טוביה בכיתות קטנות בהתאם לצורכיהם המיוחדים, אולם הפעילות התרבותית והאומנותית, המודגשת בגישה חינוכית זאת, נעשית במשותף עם כלל ילדי בית הספר. חלק מהילדים לומדים בבתי ספר באזור על פי ההתאמה האישית הדרושה להם על פי צרכיהם.

בשנת 2007 נחנך מרכז הלמידה של בית טוביה. המרכז ממוקם במרכז קמה, המתחם הקהילתי של עמותת קמה, ובו איזור למידה, עמדות מחשבים וספרייה. המרכז, אשר פעיל בשעות אחר הצהרים והערב, מספק לילדי הפנימיה תגבור לימודי, סיוע בהכנת שיעורי בית, בכתיבת עבודות ובהכנה למבחנים. דגש מיוחד ניתן לעזרה לבני הנוער בהכנה לבחינות הבגרות. בנוסף על כך, מתקיים גם מערך של הוראה פרטנית על ידי מורים מקצועיים, מדריכי הוראה מתקנת ומתנדבים, בקבוצות קטנות או באופן פרטני, על פי גיל, תוך מעורבות מלאה בנעשה בבתי הספר ובתיאום מלא וקשר שוטף עם המורים והצוות הניהולי.

מאז פתיחת מרכז הלמידה נרשם שינוי לטובה בתחום הלימודים בפנימייה, שמדווח גם על ידי המורים בכיתות. הקבוצות הקטנות והחלל הפיזי הנעים והמאפשר יוצרים אווירת למידה טובה ומסייעים לילדים להתרכז בלימודים. הצלחה רבה נרשמת גם בקרב המתבגרים, אשר ניגשים כולם לבחינות הבגרות, באופן מלא או חלקי. בית טוביה מאפשרת, למעוניינים בכך, השלמת לימודים במסגרת שנת י"ג.

 

רבים מחניכי בית טוביה מנגנים בכלי נגינה ומשתתפים בחוגי ספורט, מלאכות ואומנות שימושית. 

 

טיפולים

התחום הטיפולי בפנימיית טוביה כולל אמצעים מגוונים: רכיבה טיפולית, טיפול בציור, בתנועה, במשחק ובדרמה. על פי הצורך נעשה שימוש בתרופות הומיאופתיות. הפנימייה נהנית משירותי מרפאת קיבוץ הרדוף, ולרשותה עומדים גם ייעוץ רפואי, שירותי אחיות, טיפול פסיכולוגי וסוציאלי וליווי פסיכיאטרי.

כל ילד זוכה לטיפול אישי פרטני על פי תוכנית טיפול הנבנית עבורו.