מתוך כוונה לאפשר לילדים חוויה משפחתית מתקנת, מיושם בבית טוביה מודל של "משפחתונים" - תא משפחתי תומך, המאפשר חיים מלאים בקבוצות קטנות רב-גילאיות, לצד זוג "הורים - מחנכים" – בעלי רקע בתחום החינוך והטיפול – וילדיהם הביולוגים.
המשפחתון - התא המשפחתי התומך - בו מתגוררים הילדים עד גיל 15, מאפשר להפגיש את הילדים עם חוויה של השתייכות למשפחה מתפקדת ושל יחסי קרבה נורמטיביים. הורי הבית מספקים חוויית בטחון ויציבות, והדינמיקה המשפחתית המתקיימת במרחב המשותף מאפשרת לחוות יחד פעולות יומיומיות, פעילויות פנאי והתמודדות עם קשיים. הקשר ארוך הטווח, הקבוע והמלא שחווים הילדים במשפחתון, מסייע להם להרפא מתחושת החסר והבדידות, ולהתבגר מתוך תחושה שהם שייכים, נתמכים ומתפתחים.
מסגרת זו אינה מתיימרת להחליף את המשפחה הביולוגית, אלא לספק תנאים חיוביים, מטפחים ותומכים אשר נבצר מן התא המשפחתי המקורי לספקם. הקשר עם משפחת המקור נשמר בקפדנות באמצעות ביקורי בית , חופשת שבת מדי שלושה שבועות, ימי הורים ומפגשים קבועים ביוזמת הפנימיה. במקרים של העדר אפשרות לחופשות בבית או משפחה מארחת, יכולה הפנימיה לספק לילדים בית וטיפול לאורך השנה כולה.
המשפחות שגרות עם החניכים נוטלות על עצמן שליחות עמוקה ומחוייבות ארוכת טווח ומורכבת: העבודה והבית חד הם, האינטימיות המשפחתית משתנה ואורח החיים אינטנסיבי ותובעני. עבור המשפחות מדובר בנתינה והתמסרות שסיפוק רב בצידן; הורי הבית וילדיהם חווים גדילה והתפתחות ורוכשים יכולות התמודדות עם אתגרים מורכבים.
יחד עם הורי הבית מטפלים בילדים מדריכים ומתנדבים בשנת שירות.
פרט לחיים המתנהלים בבתים הממוקמים בלב הקיבוץ, כחלק בלתי נפרד ממנו, משתלבים חניכי בית טוביה בחיי הקהילה של קיבוץ הרדוף, בפעילויות של קבוצת הנוער, מתארחים בבתי החברים ולוקחים חלק בפעילויות חברה ותרבות.